Основа сюжетной линии мода Смерти Вопреки - Послушник заключается в раскрытии судьбы одного из главных антигероев серии, с которым игрокам еще не раз предстоит столкнуться в следующих эпизодах.
Мод Сталкер: G.L.A.D.I.A.T.O.R. II Время Альянса предлагает игроку пройти новый сюжет по-прежнему от лица майора Дегтярёва, который остался в Зоне Отчуждения.
СТАЛКЕР: Зов Припяти Sigerous Mod начинается вблизи кордона на военной базе. Главный герой Дегтерев получает задание по поиску командира блокпоста по фамилии Медведев.
Смерти вопреки - В центре чертовщины это трагическая история человека, оказавшегося в месте которое называют вторым кругом ада — окрестность города-призрака Припять.
В игре Пуль в Припять вам необходимо будет тщательно исследовать обширный район, густо заселенный различными мутантами, аномалиями и многочисленными бандитами.
Сталкер SGM: Geonezis Addon добавляет в игру новый сюжет который более подробно связал все три части игры S.T.A.L.K.E.R., а также принес в нее некоторые ключевые моменты описанные в книжной серии.